1.排名的不稳定性：由于搜索引擎对排名有各自的不同规则，并且搜索引擎的排名规则也是不断调整的，那时也许就会出现原有的排名位置发生变动，这个是很正常的现象。
 2.排名见效慢：通过网站优化获得排名是无法速成的，中等难度的词大约需要1-2个月的时间，如果难度更大的词则需要3-4个月甚至更久，建议企业可以在销售淡季进行网站优化工作，到了销售旺季时排名也基本稳定了。
3.关键词数量有限制：做网站优化一个页面推荐只做一个关键词，最多不超过四五个，其中1-2个是主词，剩余1-2个是分词，做不到竞价排名那种想做多少做多少的效果。并且我们的客户，大部分是企业站的优化，并不适合通过整站优化获取海量关键词排名，所以这个也是SEO的不足之一。
4.关键词区分难易程度：竞争过于火爆的关键词，例如：手机、汽车、礼品、电脑、股票等，做优化排名难度是很大的，这需要很长久的时间，而且价格也会非常高昂，所以难度太大的词不适合做优化。所以选择长尾关键词做优化是有其理由的，一是见效快，二是长尾关键词更容易锁定潜在的搜索客户。
5. 排名位置在竞价排名之后：这个是由百度的规则决定的，自然排名所在的位置只能在竞价排名的网站之后，如果第一页全都做满了竞价排名，那自然排名只能出现在第二页，目前此种情况仅百度存在。当然现在百度凤巢系统（百度推广专业版）的推出，有所改善，第一页变成N条广告+10条自然排名，N为少于10的自然数。